Mega是一种进行对齐，推断系统认知树，估计分歧时间，在线数据库，估计分子进化率的综合工具060532，推断祖先序列假设。大量实验室中的生物学家使用了大型巨型，以培育特殊的进化组织，并推断选择性力的扩展和性质，塑造了基因和物种的演变。MEGA进化树是一款功能极为强大的分子进化遗传分析软件，MEGA进化树官方版全称：Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款专业的进化树软件，用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据，可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
对齐序列（使用GUI）
- Mega 支持使用Clustalw 和Muscle程序的序列对齐。
- 在分析探索器（对齐器 – >主菜单中的打开对齐探索器 ）中进行对齐（或细化）。
- 我们要么可以从空白对齐开始（如果我们是从 NCBI导入的序列，或者没有兼容序列文件），或者是从兼容的序列文件中开始的。
- 借助我们在对齐探索器（AE）中的序列，我们从菜单中选择对齐，然后选择Clustalw 或Muscle。
- 将对齐参数设置为您想要的值，或者将选项独立于使用默认值。单击计算/确定。
- 根据序列的长度和数量，您可能会在对齐时看到进度栏。
- 对齐序列将替换对齐探险器中先前未对准的序列。现在，您可以将它们导出到 大型 或FastA格式进行分析。
进行分析（使用GUI）
（注意：必须在进行分析之前对齐序列 。）
- 选择您希望从主窗口中的顶部工具栏运行的分析。
- 向您显示此分析的选项列表。您只能更改在白盒中绘制的选项。单击计算。
- 根据分析的长度，您可能会在分析运行时看到进度栏。
- 您的输出将显示为树，矩阵，文本等。
- 在大多数结果中，将有节省分析的选项。这通常位于结果窗口的文件或数据菜单中。
从命令壳执行分析
- 使用Mega的命令行接口时，所有计算以相同的方式启动。
- 在Mega Main Form中，单击原型 按钮，然后指定将用于分析的输入数据的类型。
- 选择您希望从主窗口中的顶部工具栏运行的分析。
- 显示“选项”对话框时，选择所需的选项或使用默认的选项。单击保存设置以将选项保存到.mao文件。
- 从命令外壳中，用.mao文件执行MEGACC命令，并输入数据文件作为参数。
本页收录的具体版本如下：
MEGA 12.0.9
MEGA 11.0.13
MEGA 10.2.6
MEGA 7.0.26
MEGA 6.0.6
您需要先赞赏 45元 才能下载此资源！立即赞赏
